Selain faktor budaya dan transmigrasi, ada tiga faktor sistemik yang memperparah Perang Dayak dan Madura:
Perang Dayak dan Madura tidak terjadi dalam semalam. Ada tiga akar masalah utama yang mengubah gesekan biasa menjadi perang terbuka: perang dayak dan madura
Under the Dutch colonial Ethical Policy and continued by the Indonesian New Order regime under President Suharto, the Transmigration Program aimed to move landless farmers from densely populated islands (Java, Madura, Bali) to less populated islands (Kalimantan, Papua). Selain faktor budaya dan transmigrasi, ada tiga faktor
Untuk memahami Perang Dayak dan Madura, kita harus melihat karakteristik kedua suku ini. Suku Dayak adalah penduduk asli Kalimantan yang hidup komunal di pedalaman, sangat menghormati alam, dan memiliki hukum adat yang mengikat. Sementara suku Madura berasal dari pulau Jawa Timur yang padat penduduk. Mereka dikenal dengan etos kerja keras, ketegasan, serta temperamen yang blak-blakan. Suku Dayak adalah penduduk asli Kalimantan yang hidup
Pada era transmigrasi (awal 1970-an hingga 1990-an), pemerintah Orde Baru di bawah Presiden Soeharto memindahkan ribuan warga Madura ke Kalimantan untuk mengurangi kepadatan penduduk di Madura. Sayangnya, program ini tidak disertai dengan pendidikan multikultural yang memadai. Konflik budaya pun menjadi tak terelakkan.
Pada Desember 1996, terjadi insiden perkelahian antara seorang pemuda Dayak dan pedagang Madura di pasar. Hukum rimba segera berlaku. Kelompok massa Madura dan Dayak saling serang. Dalam hitungan minggu, puluhan rumah dibakar. Pemerintah Orde Baru yang otoriter berhasil menekan media, sehingga eskalasi tidak meluas, namun luka sudah menganga.